Предлог by используется, когда мы употребляем слова, связанные с движением, такие как go, arrive, travel и т.п., когда хотим указать на средство передвижения в целом.
Например, by car (на машине), by bus (на автобусе), by taxi (на такси),
by train (на поезде), by bike (на велосипеде).
I went to the airport by bus.(Я поехала в аэропорт на автобусе.)
We were travelling by bike. (Мы путешествовали на велосипедах.)
Исключение: on foot (пешком)

Если имеется уточнение деталей, например, чья это машина, или какой именно автобус, употребляется предлог on или in.
We went in Mark’s car. (Мы поехали на машине Марка.)
He went on the 9 o’clock bus. (Он поехал на 9-часовом автобусе.)

С транспортом, в котором можно только сидеть внутри, употребяется предог in.
Например, in a car (в автомобиле), in a taxi (в такси), in an ambulance (в машине скорой помощи), in a lorry (в грузовике), in a helicopter (в вертолете), in a boat (в лодке).

Если речь идёт о транспорте, в котором можно только не только сидеть внутри, но и стоять, ходить, то следует использовать предог οn.
on a bus (на автобусе), on a plane (в самолёте), on a train (на поезде), on a ship (на корабле), on a ferry (на пароме).

С глаголом ride (скакать, ехать верхом, кататься) используется предлог on, например, ride on a horse/ on a elephant/ on a camel/ on a bicycle/ on a scooter.
I rode on a horse. (Я ездила верхом на лошади.)
John rode on an elephant in India. (Джон катался на слоне в Индии.)