I wish they had done it. / I wish they hadn’t done it.
Если нам нужно высказать сожаление относительно прошлого, или мы бы хотели, что в прошлом ситуация складывалась бы иначе, следует использовать формулу:

You didn’t come on holiday with me. (Ты не поехала в отпуск со мной.)
I wish you had come on holiday with me.(Как жаль, что ты не поехала в отпуск со мной.  или Как мне тогда хотелось, чтобы ты поехала в отпуск со мной. Но ты не поехала.)
I didn’t study hard at school. (Я плохо учился в школе.)
I wish I had studied harder at school. (Как жаль, что я плохо учился в школе или Как бы было здорово, если бы я хорошо учился в школе. Но я был ленивым.)

Под эту формулу попадают не только действия в прошлом, которые обычно представлены в времени Past Simple, но и когда речь идёт о результате, выраженном через Present Perfect.
They haven’t done it. (Они не сделали этого.)
I wish they had done it. (Хотел бы я, чтобы они сделали это. Но они этого не сделали.)